Classification (5 embranchements).
Eucaryotes- Protistes unicellulaires-Protozoaires
(Trypanosomes, amibes...)

Description des protozoaires

Définition générale

Les protozoaires sont des organismes unicellulaires eucaryotes dotés d’un noyau véritable. Ils constituent un groupe de protistes hétérotrophes mobiles qui ingèrent leur nourriture par phagocytose. 10–100 µm.

Structure cellulaire et organisation

	Présence d’organites eucaryotes (noyau, mitochondries, parfois hydrogénosomes ou mitosomes)
	Absence de tissus spécialisés et multicellularité complexe
	Taille généralement comprise entre 10 et 50 µm, jusqu’à près du millimètre pour certaines espèces

Modes de locomotion

	Pseudopodes (amiboïdes)
	Flagelles (flagellés)
	Cils (ciliés)
	Organites locomoteurs réduits ou absents chez les sporozoaires

Nutrition et reproduction

	Nutrition par phagocytose de bactéries, micro-algues ou débris organiques
	Mixotrophie chez certaines espèces (ingestion + photosynthèse secondaire)
	Reproduction asexuée majoritairement par fission binaire
	Sexualité possible via isogamie, conjugaison ou échanges génétiques

Habitat et rôle écologique

	Présents dans les eaux douces, milieux marins, sols humides et environnements internes d’hôtes
	Régulateurs des populations bactériennes et micro-algales
	Contributeurs à la décomposition et au recyclage de la matière organique
	Certains sont des parasites responsables de maladies humaines et animales (Plasmodium, Trypanosoma, Giardia, Toxoplasma)

Principaux groupes de protozoaires

	Rhizopodes : locomotion par pseudopodes (ex. Amoeba proteus)
	Flagellés : locomotion par flagelles (ex. Euglena, Giardia lamblia)
	Ciliés : locomotion par cils (ex. Paramecium caudatum)
	Sporozoaires : organites locomoteurs modifiés ou absents (ex. Plasmodium falciparum)

Dangerosité des protozoaires

Protozoaires pathogènes majeurs

Les protozoaires regroupent à la fois des formes libres non pathogènes et des espèces responsables de maladies potentiellement graves chez l’homme et l’animal. Parmi les plus redoutées :

	Entamoeba histolytica, cause de l’amibiase invasive
	Giardia duodenalis, responsable de la giardiase
	Cryptosporidium spp., agent de cryptosporidiose
	Cyclospora cayetanensis et Cystoisospora belli, à l’origine de diarrhées prolongées
	Microsporidies, aujourd’hui classées près des champignons mais longtemps considérées comme protozoaires

Modes de transmission

	Voie oro-fécale via eau ou aliments contaminés (principal vecteur pour les protozoaires intestinaux)
	Contact direct dans des milieux aux normes sanitaires déficientes ou par pratiques sexuelles impliquant un contact oro-anal
	Vecteurs invertébrés (moustiques pour Plasmodium, triatomes pour Trypanosoma cruzi, phlébotomes pour Leishmania)
	Transmission interhumaine rare hors contexte hospitalier ou communautaire en cas d’épidémie (ex. Milwaukee, 1993 pour Cryptosporidium)

Gravité et manifestations cliniques

La gravité des infections protozoaires varie selon l’espèce et l’état de l’hôte :

	Infections intestinales aiguës : diarrhées sévères, crampes, déshydratation (Giardia, Cryptosporidium, Cyclospora)
	Maladies systémiques et chroniques : paludisme, leishmaniose, maladie de Chagas, toxoplasmose
	Infections opportunistes chez l’immunodéprimé : cryptosporidiose chronique, microsporidiose digestive ou oculaire, toxoplasmose cérébrale

Populations à risque

	Jeunes enfants dans les zones à infrastructures sanitaires inadéquates : prévalence élevée de giardiase et d’amibiase
	Personnes immunodéprimées (VIH/sida, greffés, patients sous chimiothérapie) : formes graves et complications systémiques
	Voyageurs non immunisés vers des régions tropicales : exposition accrue aux formes vectorielles ou à eau non potable
	Exploitants agricoles et personnel vétérinaire : contact fréquent avec porteurs animaux ou eau contaminée

Mesures préventives

	Assurer le traitement et la potabilisation de l’eau (filtration, chloration renforcée)
	Respect strict de l’hygiène mains et des bonnes pratiques alimentaires
	Cuisson appropriée des aliments, surtout légumes crus
	Protection contre les vecteurs (moustiquaires, répulsifs) dans les zones endémiques
	Dépistage et traitement précoce chez les immunodéprimés

Distribution géographique des protozoaires

Répartition globale

Les protozoaires sont ubiquitaires : on les rencontre sur tous les continents, des zones polaires aux tropiques. Ils prospèrent dans les milieux aquatiques (eaux douces, eaux marines), les sols humides et les environnements interstitiels des organismes (mucus, tube digestif, organes internes).

Milieux aquatiques et terrestres

	Dans les eaux douces, on trouve abondamment des amibes, des paramécies et des dinoflagellés.
	En milieu marin, les protozoaires jouent un rôle clé dans le plancton, notamment les foraminifères et certaines diatomées mixotrophes.
	Dans les sols humides, les amibes et myxomycètes (moisissures visqueuses) colonisent la terre organique et contribuent à la décomposition.

Protozoaires parasitaires et zones endémiques

	Les agents du paludisme (Plasmodium falciparum, P. vivax) sont concentrés dans les zones tropicales et subtropicales d’Afrique, d’Asie du Sud-Est et d’Amérique latine.
	Les trypanosomes transmis par la mouche tsé-tsé (maladie du sommeil) sont endémiques en Afrique subsaharienne.
	Les leishmanies (leishmaniose cutanée et viscérale) se rencontrent autour du bassin méditerranéen, en Asie centrale et en Amérique du Sud.
	Les protozoaires intestinaux (Giardia, Cryptosporidium) ont une distribution mondiale mais sont plus fréquents dans les régions à assainissement limité.

Embranchements	Espèces	Espèces representatives	Description
Actinopodes	Env. 4.000 espèces	Actinophrys sol — Actinophrys solaire Actinosphaerium eichhornii — Actinosphère d’Eichhorn Acanthometra sp. — Acanthomètre marin Collozoum inerme — Collozoaire inermé	Description Les Actinopodes sont des organismes unicellulaires eucaryotes appartenant à divers groupes de protistes, notamment les radiolaires, les héliozoaires et les acanthaires. Leur corps est généralement sphérique, avec une architecture interne complexe. Leur taille varie de 50 à plus de 500 micromètres, ce qui les rend visibles au microscope optique. Ils possèdent des axopodes, fins prolongements cytoplasmiques rayonnants, soutenus par des microtubules, utilisés pour la locomotion et la capture des proies. Distribution Les Actinopodes sont principalement marins, bien que certaines espèces vivent en eaux douces. – Les radiolaires et acanthaires sont présents dans les océans tropicaux et tempérés, souvent en zone pélagique. – Les héliozoaires sont plus fréquents en eaux douces stagnantes, comme les étangs et les lacs. – Ils font partie du plancton et jouent un rôle dans les réseaux trophiques aquatiques. Particularités Ce sont des prédateurs unicellulaires qui capturent leurs proies (bactéries, algues, petits protistes) grâce à leurs axopodes collants. – Leur squelette peut être composé de silice, célestite (sulfate de strontium) ou de matériaux organiques. – Les radiolaires fossiles sont utilisés en paléontologie pour dater les sédiments marins. – Certains sont multinucléés, d’autres présentent un stade flagellé au cours de leur cycle de vie. – Leur classification est complexe et en révision, car plusieurs groupes sont polyphylétiques. Dangerosité Les Actinopodes sont totalement inoffensifs pour l’humain. – Ils ne provoquent aucune maladie connue. – Ils ne sont pas visibles à l’œil nu et n’interagissent pas avec les activités humaines. – Leur rôle écologique est bénéfique : ils participent à la régulation du microplancton et à la formation des sédiments marins.
Cnidosporidies	Env. 3.900 espèces	Myxobolus pfeifferi — Myxobole de Pfeiffer Myxobolus cerebralis — Myxobole cérébral Glugea hertwigi — Glugée de Hertwig Pleistophora mulleri — Pléistophore de Müller.	Description Les Cnidosporidies (ou Cnidospora) désignent un ancien groupe de parasites microscopiques autrefois classés parmi les protozoaires. Ce taxon est aujourd’hui considéré comme obsolète et a été réparti entre plusieurs groupes distincts, notamment les Myxozoaires (ex-Myxosporidies) et les Microsporidies, certains étant désormais rattachés aux Métazoaires ou aux Fungi. Leur taille varie de 5 à 30 micromètres, selon le stade et le type de spore. Ils possèdent des spores complexes, souvent pluricellulaires, avec des capsules polaires et des filaments enroulés utilisés pour infecter l’hôte. Distribution Les Cnidosporidies sont cosmopolites, présentes dans les milieux aquatiques (eau douce et marine), où elles parasitent une grande variété de vertébrés et d’invertébrés, notamment les poissons, amphibiens, reptiles et annélides. – Les Myxozoaires sont fréquents dans les tissus musculaires ou conjonctifs des poissons. – Les Microsporidies peuvent infecter des invertébrés comme les insectes, crustacés ou nématodes, et parfois des vertébrés, y compris l’humain dans des cas opportunistes. Particularités Ce groupe se distingue par la structure complexe de ses spores, souvent dotées de mécanismes d’injection du contenu infectieux dans les cellules hôtes. – Les spores peuvent être unicellulaires ou pluricellulaires, avec des éléments différenciés. – Certaines espèces produisent des kystes volumineux dans les tissus infectés, comme Myxobolus pfeifferi chez les poissons. – Leur cycle de vie inclut des phases syncytiales, des divisions nucléaires multiples, et parfois des stades extracellulaires. – Les affinités morphologiques avec les cnidoblastes des Cnidaires ont inspiré leur nom, bien qu’il ne s’agisse pas de cellules urticantes. Dangerosité Les Cnidosporidies sont pathogènes pour leurs hôtes, mais non dangereuses pour l’humain dans la majorité des cas. – Certaines Microsporidies peuvent provoquer des infections opportunistes chez les personnes immunodéprimées. – Les Myxozoaires sont responsables de maladies parasitaires chez les poissons, affectant l’aquaculture (ex. maladie du tournis). – Aucun membre du groupe n’est urticant ou toxique pour l’humain par contact direct.
Infusoires	Env 8.000 espèces	Paramecium caudatum — Paramécie caudée Stentor coeruleus — Stentor bleu Vorticella convallaria — Vorticelle commune Didinium nasutum — Didinium à museau	Description Les Infusoires sont des protozoaires ciliés appartenant au phylum Ciliophora. Ce groupe englobe des organismes unicellulaires complexes, visibles au microscope, dotés de cils utilisés pour la locomotion et l’alimentation. Leur taille varie de 10 micromètres à plus de 2 millimètres, certains étant parmi les plus grands protistes connus. Leur corps est souvent allongé, ovale ou en forme de trompette, avec une organisation interne sophistiquée : deux noyaux (macronoyau et micronoyau), vacuoles contractiles, cytostome et structures ciliées spécialisées. Distribution Les Infusoires sont cosmopolites, présents dans tous les milieux aquatiques : – Eaux douces (étangs, rivières, lacs) – Eaux marines (zones benthiques et pélagiques) – Milieux humides terrestres (sols, mousses, litières) Ils sont abondants dans les environnements riches en matière organique, où ils jouent un rôle essentiel dans les chaînes trophiques microbiennes. Particularités Ce sont des hétérotrophes qui se nourrissent de bactéries, algues, petits protistes et débris organiques. – Ils possèdent des cils organisés en rangées ou en touffes, permettant des mouvements coordonnés. – Leur reproduction est asexuée par fission binaire, mais ils pratiquent aussi la conjugaison, un échange génétique temporaire entre deux individus. – Certains comme Stentor peuvent se contracter rapidement, tandis que Paramecium possède des mécanismes d’évitement sophistiqués. – Leur capacité à réguler la pression osmotique via des vacuoles contractiles est cruciale en eau douce. Dangerosité Les Infusoires sont totalement inoffensifs pour l’humain. – Ils ne provoquent aucune maladie connue. – Ils ne sont ni toxiques ni pathogènes. – Leur présence est bénéfique dans les systèmes aquatiques, notamment en aquaculture et en épuration biologique.
Rhizoflagellés	-	Euglena gracilis — Euglène gracile Naegleria fowleri — Amibe mangeuse de cerveau Cercomonas longicauda — Cercomone à longue queue Foraminifera globigerina — Globigérine	Description Les Rhizoflagellés sont un groupe anciennement utilisé pour désigner certains protozoaires unicellulaires possédant à la fois des caractéristiques de flagellés (mobilité par flagelle) et de rhizopodes (émission de pseudopodes). Ce terme est aujourd’hui obsolète dans les classifications modernes, mais il regroupait des organismes comme Giardia, Trichomonas, Dientamoeba et Entamoeba. Leur taille varie de 10 à 30 micromètres, avec une morphologie souvent asymétrique, un ou plusieurs noyaux, et des structures spécialisées comme les flagelles, les axostyles ou les pseudopodes. Distribution Les Rhizoflagellés sont cosmopolites, présents dans les milieux aquatiques, les sols humides et les organismes hôtes. – Certains vivent librement dans l’eau douce ou les sédiments. – D’autres sont parasites intestinaux ou urogénitaux chez l’humain et les animaux (ex. Giardia duodenalis, Trichomonas vaginalis). – Leur transmission se fait par voie féco-orale, contact direct ou ingestion de kystes. Particularités Ce groupe est marqué par une diversité morphologique et fonctionnelle. – Giardia possède deux noyaux et huit flagelles, avec une forme en cerf-volant. – Trichomonas présente une membrane ondulante et un axostyle rigide. – Dientamoeba combine des traits amiboïdes et flagellés, sans kystes connus. – Leur cycle de vie inclut des formes végétatives (trophozoïtes) et parfois kystiques, résistantes dans l’environnement. – Ils se nourrissent par phagocytose, absorbant bactéries, débris organiques ou cellules hôtes. Dangerosité Les Rhizoflagellés incluent plusieurs agents pathogènes humains. – Giardia duodenalis provoque la giardiose, une diarrhée chronique fréquente chez l’enfant. – Trichomonas vaginalis est responsable de trichomonose urogénitale, une IST fréquente. – Dientamoeba fragilis peut causer des troubles digestifs, bien que son pathogénicité soit débattue. – Entamoeba histolytica, parfois inclus dans ce groupe, est l’agent de l’amibiase, potentiellement grave. – Ces parasites sont non mortels dans la majorité des cas, mais peuvent entraîner des complications si non traités.
Sporozoaires	Env 6.000 espèces	Plasmodium falciparum — Plasmodium malin Toxoplasma gondii — Toxoplasme gondii Eimeria tenella — Eimérie tenella Cryptosporidium parvum — Cryptosporidium parvum	Taille Les Sporozoaires mesurent généralement entre 1 et 50 micromètres selon le stade de développement (sporozoïte, mérozoïte, gamétocyte). Leur forme est souvent ovoïde ou allongée, adaptée à la pénétration cellulaire. Distribution Ils sont cosmopolites et présents dans tous les milieux où vivent leurs hôtes : intestins, sang, tissus de vertébrés et d’invertébrés, ainsi que dans les eaux douces ou souillées, les sols humides et les aliments contaminés. Description Ce sont des protozoaires unicellulaires parasites appartenant au phylum Apicomplexa. Ils sont dépourvus de cils ou flagelles à l’état adulte et possèdent un complexe apical spécialisé pour pénétrer les cellules hôtes. Leur cycle de vie est complexe, alternant reproduction asexuée (schizogonie), sexuée (gamogonie) et sporogonie. Le sporozoïte est le stade infectieux, les mérozoïtes se multiplient dans les cellules, et les gamétocytes fusionnent pour produire des oocystes. Particularités Ils sont exclusivement intracellulaires et utilisent des organites spécialisés (micronèmes, rhoptries, conoïde) pour envahir les cellules. Certains genres comme Plasmodium, Toxoplasma, Cryptosporidium ou Eimeria ont des cycles impliquant plusieurs hôtes ou vecteurs. Leur reproduction inclut des stades résistants comme les kystes ou les oocystes, capables de survivre dans l’environnement. Dangerosité Les Sporozoaires comptent parmi les parasites les plus dangereux pour l’humain et les animaux. Plasmodium provoque le paludisme, responsable de centaines de milliers de décès annuels. Toxoplasma gondii peut entraîner des complications graves chez les fœtus et les immunodéprimés. Cryptosporidium cause des diarrhées sévères, surtout chez les enfants et les personnes vulnérables. Eimeria affecte gravement les animaux d’élevage. La transmission se fait par vecteurs (moustiques), ingestion d’oocystes, contact avec des hôtes infectés ou exposition à de l’eau contaminée

Les fiches

Nom usuel	Genre	espèce	Photos	Environnement principal	Description	Distribution
Coccidie du lapin	Eimeria	stiedae		Parasite	Protozoaire parasite appartenant au phylum des Apicomplexa, responsable de la coccidiose hépatique chez le lapin. C’est l’une des espèces les plus étudiées du genre Eimeria, notamment en médecine vétérinaire.
Trypanosome de Gambie	Trypanosoma	gambiense		Parasite	Protozoaire parasite flagellé responsable de la trypanosomiase humaine africaine, plus connue sous le nom de maladie du sommeil. Il est transmis à l’humain par la piqûre d’une mouche tsé-tsé infectée (Glossina), et sévit principalement en Afrique de l’Ouest et centrale, où il représente environ 92 % des cas signalés.	Afrique
Amibe	Amoeba	sp.		Eaux dormantes	Le genre Amoeba regroupe des protozoaires unicellulaires appartenant aux Amoebozoa, célèbres pour leur capacité à changer de forme grâce à des extensions cytoplasmiques appelées pseudopodes. Ces organismes vivent principalement dans les eaux douces, les sols humides ou les milieux riches en matière organique.
Stylonichie	Stylonichia	sp.		Eaux stagnantes	Stylonychia est un genre de ciliés hypotriches, des protozoaires unicellulaires fascinants que l’on trouve fréquemment dans les eaux douces, les sols humides et même sur les algues filamenteuses ou les débris végétaux en décomposition	Cosmopolites sauf l'hémisphère Nord (Micr.)
Loxode	Loxoda	sp.		Eaux stagnantes	Le genre Loxodes (et non "Loxoda", qui semble être une confusion ou une référence à un univers de jeu de rôle) désigne un groupe de ciliés hypotriches d’eau douce, souvent rencontrés dans les milieux riches en matière organique, comme les étangs, mares ou sédiments vaseux.	Cosmopolites sauf l'hémisphère Nord (Micr.)
Vorticelle	Vorticella	sp.		Eaux stagnantes	Vorticella est un genre de ciliés péritriches d’eau douce, reconnaissables à leur forme en clochette fixée à un pédoncule contractile. Ces micro-organismes vivent souvent attachés à des substrats comme les plantes aquatiques, les pierres ou même la carapace de petits crustacés.
Arcela sp.	Arcela	sp		Eaux douces	Genre d’amibes testacées (amibes à coquille) que l’on trouve fréquemment dans les milieux d’eau douce, comme les mares, étangs ou tourbières.	-